La bandera de La Humareda, 1885.

A partir de su inauguración, se encuentra exhibida en Lux non occidat: Museo y Archivo Histórico, uno de los objetos de mayor significación simbólica en los antecedentes históricos del Externado, la bandera de La Humareda. El 17 de junio de 1885 ocurrió la última confrontación de la guerra civil que asoló al país en aquel año. Se conoce como la batalla de La Humareda. Se la consideró una victoria pírrica para los liberales radicales, ya que una parte importante de ellos fue abatida en aquella batalla, entre otros, su dirigente Daniel Hernández, cuyo cadáver fue envuelto en esta bandera. En ella se observan vestigios de la sangre de Hernández. Los intelectuales liberales de la época se manifestaron sobre este suceso. El escritor José María Vargas Vila relató su testimonio de esta batalla y de la muerte de Hernández:

Si Hernández hubiera sobrevivido al fracaso nacional, no habría hallado un rincón del país en qué pararse, que el veneno o el puñal no lo hubieran buscado. La Humareda fue su tumba. Allí, entre el fragor de aquella batalla colosal, sobre las trincheras que había tomado a esfuerzo de su valor, coronado de gloria, tinto en sangre y envuelto en la bandera de la República, cayó aquel héroe… Él fue la revolución… Es el tipo del liberalismo moderno, él tendrá imitadores mientras haya tiranos que combatir y oprimidos que defender, mientras haya almas nobles enamoradas de la libertad y soldados dispuestos a morir al pie de su bandera.

José María Vargas Vila. Pinceladas sobre la última revolución de Colombia y siluetas políticas.
Maracaibo, Imprenta Americana, 1887.

Ante la noticia de los resultados de la batalla, Rafael Núñez exclamó: “¡La Constitución de 1863 ha dejado de existir!” Se formuló así un nuevo proyecto constitucional, en el marco de llamada Regeneración. Se proclamó la Constitución de 1886 y la república se organizó constitucionalmente desde los principios conservadores, autoritarios, centralistas, restrictivos de las libertades y en alianza con la iglesia católica.

En 1954, el fundador y director del diario Vanguardia Liberal Alejandro Galvis Galvis escribió una carta al historiador santandereano Horacio Rodríguez Plata para hacerle entrega de la bandera. Relató así su procedencia:

Este pabellón fue traído a Bucaramanga por un hijo del general y dejado en casa de don Jorge Mutis, en mano de una de sus hijas a quien el joven Hernández pretendía. Ella se lo entregó posteriormente a su amigo nortesantandereano José María Bautista para que lo llevara a la familia o lo conservara como una reliquia histórica, y Bautista me lo obsequió a mí hace cosa de 15 años.

La bandera fue recibida por Rodríguez Plata quien la custodió junto con un retrato del General Hernández. En la tradición del Externado se recuerda lo que simbolizó esta bandera: “Somos hijos de la Humareda”. Es decir, el Externado fue fundado por los derrotados y perseguidos luego de esa batalla y de la guerra de 1885.